Méthylation de l'ADN
Infinium HumanMethylation27
La puce d’analyse d’ADN HumanMethylation27 d’Infinium est constituée de 27 578 sites CpG très instructifs, avec une résolution de la taille d’un nucléotide simple. Cette puce à 12 échantillons contient des caractéristiques tirées de la base de données abondamment annotée CCDS du NCBI (Genome Build 36), et contient aussi plus de 1 000 gènes associés au cancer et décrits dans la documentation publiée. Les sondes ont été enrichies pour couvrir en profondeur plus de 150 gènes connus pour leur implication dans le cancer et démontrant des modéles de méthylation spécifiques. La puce HumanMethylation27 cible aussi les régions des promoteurs pour 110 gènes micro-ARN.
Les principaux avantages comprennent:
- Haute résolution: une résolution CpG à site unique pour 27 578 sites CpG comportant plus de 14 000 gènes;
- Haut rendement: grâce au format à multi-échantillons, une seule puce BeadChip permet d’analyser 12 échantillons;
- Échantillonnage réduit: aussi peu que 500 ng (avant le traitement au bisulfite).
Méthylation GoldenGate
Pour caractériser la méthylation de l'ADN, la technologie GolgenGate Methylation Solution d'Illumina offre un rendement élevé, un multiplexage élevé et une résolution CpG à site unique. Avec la technologie GoldenGate, les amorces oligonucléotides scrutent les sites de méthylation des gènes putatifs dans l'ADN génomique traité au bisulfite. Le traitement au bisulfite du CpG non méthylé convertit la cytosine en uracile, tandis que les cytosines méthylées ne sont pas converties. Comme pour la méthylation PCR spécifique, deux ensembles d'amorces sont conçus pour chaque cible CpG. Un ensemble d'amorces correspond à la séquence non méthylée traitée au bisulfite (uracile) tandis que l'autre correspond à la séquence non traitée (5 méthylcytosine). L'importance de la méthylation, pour un site CpG donné, au sein d'un échantillon d'ADN, est déterminée en comparant les proportions des signaux issus des allèles méthylés, avec ceux qui sont issus des allèles non méthylés. La différenciation enzymatique se situe au niveau du nucléotide simple, et de l'information additionnelle est inférée sur la méthylation des sites CpG adjacents, situés dans la région cible de la sonde.
Cette technologie réduira la durée de votre recherche sur la méthylation et l'identification de biomarqueurs et en améliorera la portée. Voici les principales caractéristiques qui assurent un tel rendement :
- Outil de méthylation à multiples échantillons qui mesure, de façon quantitative, jusqu'à 147 456 méthylations d'ADN par essai;
- Résolution CpG à site unique;
- Plateforme Sentrix Array Matrix à 96 échantillons;
- Conception à contenu souple;
- Performance robuste;
- Outil visuel d'analyse de données sophistiqué.
Panel I de marqueurs de méthylation pour le cancer
Le panel de marqueurs de méthylation pour le cancer GoldenGate comprend 1 505 loci issus de 807 gènes.
- 28,6% contiennent un site CpG par gène
- 57,3% contiennent deux sites CpG
- 14,1% contiennent trois sites ou plus
Voici quelques-unes des classes de gènes utilisées :
- gènes suppresseurs de tumeurs
- oncogènes
- gènes impliqués dans la réparation de l'ADN
- contrôle du cycle cellulaire
- différenciation
- apoptose
- liés au chromosome X
- gènes marqués
Panels de méthylation personnalisés
La méthylation personnalisée ajoute un autre degré d'analyse pour compléter les données génétiques et épigénétiques. Les scientifiques intéressés à accélérer leur recherche de méthylation et à en augmenter la portée dans des domaines comme le cancer, les troubles du développement, les cellules souches, le vieillissement et les maladies neurologiques, peuvent maintenant sélectionner des sites CpG spécifiques aux gènes choisis. Les panels de méthylation personnalisés sont disponibles en formats variant de 96 à 1 536 essais par tube OMA. Des panels plus grands peuvent recevoir plusieurs tubes OMA ainsi que les réactifs et les puces GoldenGate appropriés. Des panels de 384 à 1 536 loci sont disponibles en multiples de 96.