Services

Produits de génotypage - plate-forme Illumina BeadStation

Génotypage avec Infinium

Les puces de génotypage BeadChips Infinium sont basées sur la technologie BeadArray d'Illumina.
Elles offrent un contrôle de la qualité à 100% et une redondance robuste. La technologie Illumina est une manière rentable d'effectuer l'analyse à grande échelle des variations du génome humain pour découvrir les bases génétiques de la maladie. Les produits Infinium offrent des solutions pangénomiques ainsi que les panels personnalisés de génotypage iSelect. Le protocole de génotypage d'Infinium prévoit la préparation d'échantillons à tube unique sans PCR ni étape de ligature, réduisant ainsi les risques d'erreurs de manipulation. Une étape de reconnaissance enzymatique assure un taux de réussite élevé, une grande exactitude et une sélection illimitée de loci.

Voici la liste des produits Infinium :

BeadChips d'Infinium
 SNPs/Marqueurs  
>240 000

 
>510 000
génotypage en parallèle de 2 échantillons
>683,000

 
>620,000
génotypage en parallèle de 4 échantillons
>1 000 000
génotypage en parallèle de 2 échantillons
>370 000
génotypage en parallèle de 4 échantillons
6 090
génotypage en parallèle de 2 échantillons
7 600-60 800
génotypage en parallèle de 2 échantillons

Veuillez cliquer ici pour une explication plus détaillée des produits de génotypage Infinium (en anglais).

Génotypage de SNP avec GoldenGate

Les panels de SNPs personnalisés -La plateforme personnalisée de génotypage GoldenGate offre flexibilité et qualité supérieure de données dans une vaste gamme d'analyses expérimentales et de génomes. Ces panels personnalisés peuvent être composés de 96 SNPs ou varier de 384 à 1 536 marqueurs par tube d'OPA (pool d'oligonucléotides). Les experts en bioinformatique de Genizon travailleront avec vous et l'équipe du support technique d'Illumina afin d'assurer une sélection optimale de votre ensemble personnalisé de SNPs. En général, lorsque les loci in silico ont fait l'objet d'une présélection exhaustive, le taux de conversion des SNPs sélectionnés, en génotypes de haute qualité, est d'environ 90 %.

Genizon a accès à tous les panels SNPs à contenu focalisé basés sur la technologie de génotypage GoldenGate

  • Panel de liaison V portant sur les humains- comptant 6 056 SNPs distribués uniformément sur tout le génome, ce panel est optimisé pour cartographier les études de liaisons.
  • Panel à basse densité portant sur les souris- comptant 377 SNPs, ce panel est optimisé pour les applications sur les croisements génétiques de souris N2 et F2. Il peut être utilisé pour cartographier des traits quantitatifs (QTL).
  • Panel à densité moyenne portant sur les souris - comptant 1 449 SNPs, ce panel est optimisé pour diverses applications de cartographie incluant la caractérisation d'animaux transgéniques, congéniques ou à recombinaison homologue (KO), et pour la cartographie génétique de croisements complexes.
  • Ensemble de 2 panels du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) - consiste en deux pools d'oligonucléotides, soit le panel Exon-Centric CMH et le panel de cartographie du CMH. Ils peuvent être utilisés séparément ou en combinaison pour une couverture plus dense. Chaque panel offre une méthode rentable et flexible pour cartographier les variations associées aux maladies dans la région du CMH. L'espacement moyen entre les SNPs, dans cet ensemble de 2 360 loci, est de 2 kb.
  • Panel Exon-Centric CMH - contient 1 228 SNPs situés à moins de 10 kb de séquences codantes de gènes du CMH.
  • Panel de cartographie du CMH - contient 1 293 SNPs avec un espacement moyen de 3,8 kb sur tout le CMH.
  • Panel de SNPs pour le cancer - 1 421 SNPs sélectionnés à partir de la base de données SNP500 du projet Cancer Genome Anatomy Project du National Cancer Institute. Le panel de SNPs pour le cancer peut être utilisé avec la matrice Sentrix® Universal Array, composée de 96 échantillons, et avec la puce Sentrix® Universal BeadChip constituée de 16 échantillons.
  • Panel Africain Américain - comptant 1 509 SNPs, ce panel est optimisé pour les études portant sur des populations d'origine africaine-américaine.
  • Puce HumanCVD BeadChip - contient plus de 49 000 sondes SNP qui ciblent ~2 100 gènes candidats impliqués dans les maladies cardiovasculaires et autres phénotypes associés.
  • Panel de tests d’ADN - compte 360 loci SNP rigoureusement sélectionnés et validés pour effectuer une analyse préliminaire des échantillons d’ADN et évaluer leur rendement avant d’entreprendre des études plus élaborées sur un plus grand nombre de loci.
  • Puce BeadChip BovineSNP50 - contient plus de 54 000 sondes disposées à intervalles réguliers.
  • Puce BeadChip CanineSNP20 - contient 22 362 sondes SNP très instructives disposées à intervalles réguliers.
  • Puce BeadChipEquineSNP50 - compte de plus de 54 000 sondes SNP très instructives.