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Produits de génotypage GoldenGate

Panels de SNPs personnalisés

Les panels personnalisés de génotypage GoldenGate offrent une flexibilité et une qualité supérieure de données dans une vaste gamme d'analyses expérimentales et de génomes. Ces panels personnalisés peuvent être composés de 96 SNPs ou varier de 384 à 1 536 marqueurs par tube d'OPA (pool d'oligonucléotides). Les experts en bioinformatique de Genizon travailleront avec vous et l'équipe du support technique d'Illumina afin d'assurer une sélection optimale de votre ensemble personnalisé de SNPs. En général, lorsque les loci in silico ont fait l'objet d'une présélection exhaustive, le taux de conversion des SNPs sélectionnés, en génotypes de haute qualité, est d'environ 90%.

Panels de SNPs à contenu focalisé 

  • Panel de liaison V portant sur les humains - comptant 6 056 SNPs distribués uniformément sur tout le génome, ce panel est optimisé pour cartographier les études de liaisons.
  • Ensemble de 2 panels du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) - consiste en deux pools d'oligonucléotides, soit le panel Exon-Centric CMH et le panel de cartographie du CMH. Ils peuvent être utilisés séparément ou en combinaison pour une couverture plus dense. Chaque panel offre une méthode rentable et flexible pour cartographier les variations associées aux maladies dans la région du CMH. L'espacement moyen entre les SNPs, dans cet ensemble de 2 360 loci, est de 2 kb.
  • Panel Exon-Centric CMH - contient 1 228 SNPs situés à moins de 10 kb de séquences codantes de gènes du CMH.
  • Panel de cartographie du CMH - contient 1 293 SNPs avec un espacement moyen de 3,8 kb sur tout le CMH.
  • Panel de SNPs pour le cancer - 1 421 SNPs sélectionnés à partir de la base de données SNP500 du projet Cancer Genome Anatomy Project du National Cancer Institute. Le panel de SNPs pour le cancer peut être utilisé avec la matrice Sentrix® Universal Array, composée de 96 échantillons, et avec la puce Sentrix® Universal BeadChip constituée de 16 échantillons.
  • Panel Africain Américain - comptant 1 509 SNPs, ce panel est optimisé pour les études portant sur des populations d'origine africaine-américaine.
  • Panel de tests d’ADN - compte 360 loci SNP rigoureusement sélectionnés et validés pour effectuer une analyse préliminaire des échantillons d’ADN et évaluer leur rendement avant d’entreprendre des études plus élaborées sur un plus grand nombre de loci.
  • Panel à basse densité portant sur les souris- comptant 377 SNPs, ce panel est optimisé pour les applications sur les croisements génétiques de souris N2 et F2. Il peut être utilisé pour cartographier des traits quantitatifs (QTL).
  • Panel à densité moyenne portant sur les souris - comptant 1 449 SNPs, ce panel est optimisé pour diverses applications de cartographie incluant la caractérisation d'animaux transgéniques, congéniques ou à recombinaison homologue (KO), et pour la cartographie génétique de croisements complexes.